明末流寇第二大勢力張獻(xiàn)忠占據(jù)了四川，崇禎十七年（公元1644年）在成都稱“大西皇帝”。
次年，明軍反攻，張獻(xiàn)忠竟然以招“特科”取士的名義，下令在成都大慈寺屠殺了五千名士子。隨后張獻(xiàn)忠更是大開殺戒，在張獻(xiàn)忠軍中有兩位被俘獲的耶穌會傳教士利類思，意大利西西里人，安文思，葡萄牙人，著名航海家麥哲倫的后代，被張獻(xiàn)忠封為“天學(xué)國師”的西方傳教士他們親眼目睹了成都大屠殺：
此時，被拘百姓無數(shù)，集于南門外沙壩橋外，一見獻(xiàn)忠到來，眾皆跪伏地下，云：“大王萬歲，大王為我等之王，我等為大王之民。我等未犯國法，何故殺耶？我等無兵器，非兵非敵，乃守法良民，乞大王救命，赦我等無辜小民。”云云。張獻(xiàn)忠隨即縱馬躍入人中，任馬亂跳亂踢，并高聲狂吼：“該殺該死之反叛！”隨令眾將士急速動刑，冤乎痛哉！無罪百姓齊遭慘殺，息靜無聲……錦繡蓉城，頓成曠野，無人居住，一片荒涼慘像，非筆舌所能形容。
傳教士的記錄與明末清初眾多不同來源非常一致，有的還根據(jù)親身見聞敘述，如《五馬先生紀(jì)年》等，連非常認(rèn)同農(nóng)民軍的顧誠也認(rèn)同其真實性，并在著作《明末農(nóng)民戰(zhàn)爭史》中引用，近來竟然有網(wǎng)絡(luò)史學(xué)一概認(rèn)為是偽造，真是洗地心切而不顧事實。
張獻(xiàn)忠殺光了成都民眾，又放火焚毀了全城，于1646年7月率軍北上抵抗清軍。就在張獻(xiàn)忠北上兩個月后，明朝參將楊展率軍進(jìn)入成都。楊展見成都空無可守，隨即撤離成都，退守嘉定。
靖遠(yuǎn)大將軍和碩肅親王豪格帥師于順治三年十一月二十六日至南部。偵得逆賊張獻(xiàn)忠、列營西充縣境，清軍一晝夜疾行三百里，于二十七日（公元1647年1月2日）黎明抵西充鳳凰山。張獻(xiàn)忠盡率馬步賊兵拒師。鰲拜等奮擊，大破之。斬獻(xiàn)忠于陣……破賊營一百三十余處，斬首數(shù)萬級。
傳教士利類思、安文思有更詳細(xì)生動的記錄：
時在西歷1647年一月三日，二位司鐸到皇營欲見獻(xiàn)忠……獻(xiàn)忠聞警，不問詳細(xì)，是否果系滿兵馬隊，隨即騎馬出營。未穿盔甲，亦未攜長槍，除短矛外別無他物，同小卒七八名，并太監(jiān)一人，奔出營外探聽滿兵虛實。至一小崗上，正探看之際，突然一箭飛來，正中獻(xiàn)忠肩下，由左旁射入，直透其心，頓時倒地，鮮血長流。獻(xiàn)忠在血上亂滾，痛極而亡。太監(jiān)見獻(xiàn)忠已亡，先奔回大營，高聲叫道：大王已被射死！聲震各營，一時大亂。各營軍隊不擊自散，各奔一方，各逃性命。
因為兩位傳教士認(rèn)識在北京的同行湯若望，而湯若望又是豪格的熟人，順治皇帝的導(dǎo)師，所以被清軍帶往北京，我們才能看到這本《圣教入川記》，但這本書一直到20世紀(jì)初才被發(fā)現(xiàn)并譯成中文公開，所以那些認(rèn)為這本書是為了討好清朝官方的說法可以休矣。
不僅如此，當(dāng)時正在中國的意大利傳教士衛(wèi)匡國（Martino Martini）也引用了利類思、安文思記錄的四川大屠殺，這本記載了大量清軍暴行的《韃靼戰(zhàn)紀(jì)》于1654年在歐洲安特衛(wèi)普出版，清宣部的手再長也夠不著。
這兩位傳教士后來在北京還結(jié)識了一系列我將要講到的著名人物：順治皇帝的導(dǎo)師湯若望，成了佟圖賴的家奴，佟圖賴有兩個著名的兒子：佟國綱、佟國維，一個孫子：隆科多，當(dāng)然還有一個著名的外孫：康熙皇帝，都是他們的熟人；鄭成功的父親鄭芝龍還資助過這兩位；肅親王豪格家人和佟家捐款，兩位建造了王府井的東堂。
清初西充人李昭志《西充鳳凰山誅張獻(xiàn)忠紀(jì)》中記載了這位神射手的名字：“是時，賊將劉進(jìn)忠已降大清肅藩，導(dǎo)之討賊。賊營人馬不戒，刀無備。初有言大兵至者，逆獻(xiàn)怒曰: '搖黃賊耳! ' 即殺言者。大兵將近，復(fù)報獻(xiàn)。 獻(xiàn)又殺之。大兵已壓賊營，獻(xiàn)不披甲，衣常服、加飛蟒半臂，率牙將出現(xiàn)，與大兵隔太陽溪。劉進(jìn)忠指曰： 此即張獻(xiàn)忠。大兵中南伊馬喇射穿逆左乳下，仆馬而斃。”
兩者記錄完全一致，而且極具畫面感，可見這位殺人混世魔王死得非常荒唐滑稽。
……
但更悲劇荒唐的是，已經(jīng)建立近三百年，曾經(jīng)非常強大的明朝竟然有一半毀于這兩位要膽略沒膽略，要戰(zhàn)略沒戰(zhàn)略，目光短淺，戰(zhàn)術(shù)指揮水平低下的流寇之手，真是令人哭笑不得，反襯出明朝得有多么窘迫無能，犯了兩線作戰(zhàn)的重大戰(zhàn)略失誤，竟然經(jīng)年累月耗費了天量的物力無法消滅流寇。
順治三年（1646年）十二月，清朝派遣參將趙榮貴第一次殺入成都，然而讓清軍沒想到的是，這片名聲在外的天府之國，不僅“千里無煙，無所設(shè)施”，并且還“尸骸遍野，荊棘塞途”，曾經(jīng)的亭臺樓閣里也只有“狐兔蓬蒿”如此慘狀，竟讓所有原本士氣高漲、斗志昂揚來到成都的清軍全體撒腿就跑，理由只有一句：“如此死城，不能守也”！
由于富庶的成都平原已經(jīng)成了無人區(qū)，清軍也無法占領(lǐng)，只是占據(jù)川北地區(qū)，與川南、川東的明軍拉鋸了13年，直至順治十六年才最終占領(lǐng)四川，進(jìn)城后發(fā)現(xiàn)成都“城中草木蔽寒，麋鹿豺虎，縱橫民舍，中官棲于城樓，兵則射獵于城內(nèi)，蜀王府野獸聚集，二、三年捕獲未盡”，以前繁華的錦官城已經(jīng)變成了野生動物園。
前面提到了隆武元年，這是怎么回事呢？原來在崇禎皇帝殉國后，一位明朝新的皇帝在南京即位，明朝并沒有滅亡，明清戰(zhàn)爭仍然還在持續(xù)。